Die "Pflanzen/Boden/Mikroben-Matrix" ist die Grundlage aller dynamischen und nachhaltigen Ökosysteme. Gesunde Böden werden von einer riesigen Welt von Mikroben unterstützt: Bakterien, Viren und Pilze, die in oder um das Pflanzensystem herum leben. Wird eine der Schlüsselkomponenten vernachlässigt, ist jedes Regenerationsprojekt letztlich gefährdet. Mikroben unterstützen die Pflanzengesundheit, indem sie die Verfügbarkeit von Nährstoffen erhöhen, das Wurzelwachstum der Pflanzen fördern, toxische Verbindungen im Boden neutralisieren und die Pflanzen widerstandsfähiger gegen Krankheiten, Hitze, Überschwemmungen und Trockenheit machen. Mikroben schrecken auch Krankheitserreger und Raubtiere ab, die für die Etablierung und Langlebigkeit der Pflanzen schädlich sein könnten.

Ein verbesserter Zugang zu Feuchtigkeit und Nährstoffen ist eine direkte Funktion der Wurzeloberfläche, die durch das Hinzufügen von Mykorrhiza-Hyphen vervielfacht wird. Pflanzen, die mit Mykorrhizapilzen besiedelt sind, weisen eine deutlich größere Wurzelmasse auf und sind daher besser in der Lage, Belastungen durch Trockenheit, Krankheitserreger und andere Formen von Umweltstress zu bewältigen. Mykorrhizapflanzen haben Zugang zu mehr Volumen und damit zu mehr Feuchtigkeit im Vergleich zu Pflanzen, die nicht von Mykorrhizapilzen besiedelt sind.

Glomalin, bekannt als "Soil Super Glue", wurde 1995 vom USDA/NRCS entdeckt. Glomalin ist ein Polysaccharid, das durch Mykorrhiza-Hyphen in den Boden abgegeben wird. Seine Hauptfunktion scheint darin zu bestehen, die Bodenstruktur zu verändern, um die Bodenbeschaffenheit und -stabilität zu verbessern, so dass ein besseres physikalisches Umfeld für aerobe Bakterien und Pilze geschaffen wird. Nützliche Mikroben, die Pflanzen mit Nährstoffen, Feuchtigkeit und Schutz versorgen, bevorzugen eine Umgebung mit reichlich Luft, während Krankheitserreger in anaeroben Umgebungen wie verdichteten Böden besser funktionieren. Glomalin bindet auch grobkörnige Sandböden und verringert so die Auswirkungen von erodierendem Wind und/oder Wasser.

Eine Möglichkeit der Anpassung an hohe Schwermetallkonzentrationen des Bodens kann in der Einschränkung der Schwermetallaufnahme durch eine Assoziation der Wurzeln mit arbuskulären Mykorrhizapilzen realisiert werden.
Eine solche Mykorrhisierung ist effektiv in den Kräutern Plantago lanceolata und Viola calaminaria und in allen schwermetallresistenten Gräsern. Durch noch nicht erforschte Prozesse wird der Transport der Schwermetalle vom Boden über den Mykorrhizapilz
in die Pflanzenwurzeln so stark beeinträchtigt, dass der Schwermetallgehalt dieser Pflanzen im Vergleich zu Pflanzen mit nicht-mykorrhizierten Wurzeln recht niedrig ist.

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